Однозначной позиции в Постановлении №1236 по вопросу нет. Главная задача национального режима — дать преференции российскому производству. И это нужно учитывать всегда.
При закупке в одном лоте ПО с российским аналогом и без него заказчику придется подтвердить технологическую и функциональную взаимосвязь. Если вы считаете, что взаимосвязи нет, это повод пожаловаться на закупку в ФАС.